海賊王が遺したひとつなぎの大秘宝(ワンピース)を見つけるという夢を胸に、沈みかけのボートで大海に漕ぎ出したルフィ。まずは仲間、まともな船、そして海図を手に入れるために、いざ出航!

偉大なる航路(グランドライン)への海図を手に入れたものの、道化のバギーに捕らわれてしまうルフィ、ナミ、ゾロ。一方、海軍に入隊したてのコビーは、ガープ中将に詰め寄られる。

海賊団にふさわしい船を調達しようとシロップ村を訪れたルフィたちは、陽気なウソップと親友のカヤと出会う。だが彼らの行く手には、邪悪な敵が待ち受けていた。

計画の実行へと動くクラハドール。仲間たちに危機が迫る中、ウソップは海軍に助けを求める。火花を散らす刃。カヤの屋敷で激しいバトルが勃発する。

大海原に漕ぎ出し、麦わら海賊団として新たな敵に立ち向かう。海上レストラン"バラティエ"で、ルフィは店で働くコックと出会い、ゾロは王下七武海の1人に一騎打ちを挑む。

サンジと料理長ゼフのいつもの口論は一時休戦。瀕死の傷を負ったゾロの命を救うために力を合わせる。一方、ルフィ達の前には野望に満ちた冷酷無慈悲な魚人が現れ、仲間の危機をもたらす。

アーロンを見つけるため、例のアイツと手を組んだルフィと仲間たちは、ココヤシ村に向けて船を進める。この村で、ナミの謎に包まれた過去が明らかになっていく。

アーロンと魚人海賊団を壊滅させるべく、麦わらの一味は決死の戦いに挑む。家族との対峙も果たしたルフィは、海賊王への夢にまた一歩近づく。