海賊王が遺したひとつなぎの大秘宝(ワンピース)を見つけるという夢を胸に、沈みかけのボートで大海に漕ぎ出したルフィ。まずは仲間、まともな船、そして海図を手に入れるために、いざ出航!

偉大なる航路(グランドライン)への海図を手に入れたものの、道化のバギーに捕らわれてしまうルフィ、ナミ、ゾロ。一方、海軍に入隊したてのコビーは、ガープ中将に詰め寄られる。

海賊団にふさわしい船を調達しようとシロップ村を訪れたルフィたちは、陽気なウソップと親友のカヤと出会う。だが彼らの行く手には、邪悪な敵が待ち受けていた。

計画の実行へと動くクラハドール。仲間たちに危機が迫る中、ウソップは海軍に助けを求める。火花を散らす刃。カヤの屋敷で激しいバトルが勃発する。

大海原に漕ぎ出し、麦わら海賊団として新たな敵に立ち向かう。海上レストラン"バラティエ"で、ルフィは店で働くコックと出会い、ゾロは王下七武海の1人に一騎打ちを挑む。

サンジと料理長ゼフのいつもの口論は一時休戦。瀕死の傷を負ったゾロの命を救うために力を合わせる。一方、ルフィ達の前には野望に満ちた冷酷無慈悲な魚人が現れ、仲間の危機をもたらす。

アーロンを見つけるため、例のアイツと手を組んだルフィと仲間たちは、ココヤシ村に向けて船を進める。この村で、ナミの謎に包まれた過去が明らかになっていく。

アーロンと魚人海賊団を壊滅させるべく、麦わらの一味は決死の戦いに挑む。家族との対峙も果たしたルフィは、海賊王への夢にまた一歩近づく。

いざ、偉大なる航路(グランドライン)へ。出航に向け、大海賊時代始まりの町ローグタウンに上陸した麦わらの一味。新旧交えたあまたのライバルがルフィたちを待ち受ける!

ついに偉大なる航路(グランドライン)に突入した一行。しかし、メリー号が巨大なクジラにのみ込まれた!? 仲間たちと船を助け出すため、ルフィは不愛想な灯台守の老人を味方につけようとする。

海賊は大歓迎だというウイスキーピークの町で、豪華なもてなしを受けるルフィたち。だが町には麦わらの一味の命を狙う怪しい影が。平和な時間は続かない!

新たに仲間を迎え入れたことで、危険にさらに拍車がかかる大航海の旅。緑生い茂るリトルガーデンの島に降り立った麦わらの一味は、とびきり巨大な冒険に出くわす。

麦わらの一味を捕らえた2人のアーティスト。ひとりは特殊な絵の具で相手の感情を自由に操り、もうひとりは自らの最新作であり最凶傑作に麦わらの一味を取り込もうとする。

謎の病に倒れたナミを救うため、大きな危険を承知で医者を探すルフィとサンジ。同じ頃、スモーカーとたしぎは海軍の前哨(ぜんしょう)基地を調査していた。

チョッパーの悲しき過去がDr.くれはによって語られる。師匠と仰ぐDr.ヒルルクとの出会い、そして、ふたりがあらゆる病を治そうと奮闘した日々が明らかになっていく。

王位を取り戻すべく、異形の軍勢とともにドラム島へと舞い戻った元国王のワポル。麦わらの一味は島を守ろうとする島民たちとともに立ち上がる。